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LOC_000LRSH.1

Display Name: France/LOC_000LRSH.1/2024-09-03
A. Fontaine, R. Klitting, B. Pastorino, M. Gilles, G. Piorkowski, R. Amaral, T. Canivez, M. Gueulen, M. Peden, L. Bosio, L. Pezzi, N. Ayhan, G. Durand, G. Grard, X. de Lamballerie, G. LAmbert & R. GutierrezClimente

Sample details

Collection date
2024-09-03
Collection date (lower bound)
2024-09-03
Collection date (upper bound)
2024-09-03
Earliest release date
2025-06-05
Collection country
France
Collection subdivision level 1
Occitanie

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-09-29 08:09insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Aix-Marseille Universite, Universita di Corsica, IRD 190, Inserm 1207, IRBA, Marseille

INSDC

NCBI release date
2025-06-05
NCBI update date
2025-06-06
INSDC accession
Bioproject accession
Biosample accession

Host

Host taxon id
Host name scientific
Culicidae

Alignment and QC metrics

Length
10908
Total SNPs
2217
Total inserted nucs
45
Total deleted nucs
23
Total ambiguous nucs
0
Total unknown nucs
0
Total frame shifts
1
Frame shifts
NS4B:31-33(nt:7006-7014)
Completeness
98.70%
Total stop codons
0

Submission details

Submission ID
OZ261141.1
Submitting group
Date submitted
2025-09-29 08:09:55 UTC
Date released
2025-09-29 08:25:25 UTC

Lineage

Lineage
2

Files

Annotations

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

  • C52T
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216G
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • G261A
    • Deletions
    6994-6996, 10444, 10457-10462, 10467-10470, 10487-10494, 10904
    Insertions
    ins_7005:GTTGA, ins_7014:G, ins_10408:TGTATTGAGT, ins_10417:GTTGTAGTGTTTA, ins_10439:TTACTTAGGCTG, ins_10483:GTT, ins_10501:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L

    • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:K110R
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T

    • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V

    • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

    • NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E

    • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

    • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

    • NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

    • capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
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  • capsid:I111F
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  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

    • env

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  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • env:V232T

    • prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
    • Deletions
    NS4B:28-30
    Insertions
    ins_NS4B:22:TRETTLG

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